原生動(dòng)物主要棲居在土壤的土層，利用原生動(dòng)物線蟲(chóng)顯微鏡來(lái)觀察土層里面有充足的食物來(lái)源，這些土層原生動(dòng)物主要包括鞭毛蟲(chóng)，變形蟲(chóng)(原生動(dòng)物)和纖毛蟲(chóng)等。在這遼闊的土壤里不止只有原生動(dòng)物、線蟲(chóng)在土壤的O區(qū)和A區(qū)上部還存在一些真菌，因?yàn)檫@些真菌大部分是好氧的，所以在生存在土壤上部，上部有豐富充足的營(yíng)養(yǎng)供給，這些真菌在自然界也發(fā)揮著重大作用，如自然界的纖維素和木質(zhì)素，它們是木材的主要成分，而大部分細(xì)菌又不能分解它們，顯微鏡下真菌同細(xì)菌一起分享這些多聚物的降解產(chǎn)物，然后就把這些物質(zhì)礦化了。還有很大的作用就是這些細(xì)菌是“食肉的”，且這樣有助于控制原生動(dòng)物的數(shù)量及線蟲(chóng)動(dòng)物的數(shù)量。它們菌絲體的生長(zhǎng)使得其能穿出土壤，并穿透了土壤的毛細(xì)孔。它們也能利用土壤粒子聚團(tuán)生長(zhǎng)。在數(shù)量上，在微生物群中真菌和細(xì)菌來(lái)比的話，只是占了很小的一部分。從繁殖體(孢子，菌絲，菌絲體)來(lái)看，真菌的數(shù)量在土壤中大約(104～106)/g。
